外國籍漁船進入我國港口,以基隆港、高雄港、正濱漁港及前鎮漁港為限,且其活動項目以卸魚、港內轉載、補給或維修漁船為限。外國籍漁船如因機件故障、遇難或避難等緊急事故申請進入商、漁港,應先依商港管理機關規定之程序申辦緊急進港,安檢單位協助通知相關主管機關(航港局、縣(市)警察局、漁業署或縣(市)漁政主管機關、防檢疫單位等)派員到場協助處理;船舶進港比照航行國際航線,實施清艙檢查。針對外國籍漁船申請靠泊本國商、漁港時,依非我國籍漁船進入我國港口許可及管理辦法第5條規定,外國籍漁船應於進入我國港口5天前,檢附相關文件向主管機關申請核可後,應於基隆港或高雄港完成航政、關稅、衛生、移民、防檢疫等檢查後,始能進入正濱漁港及前鎮漁港。