本局於民國41年6月1日由前陸軍五十六師改編成立，駐防桃園市介壽路「天池營區」。民國41年7月1日奉命兼任北部地區警備司令部。民國79年12月20日，奉命由桃園駐地遷移至中和「秀峰營區」賡續執行警備、保安、動員及民防等任務，民國82年3月10日納編陸軍及憲兵移撥兵力編成海岸部隊，接替北部地區海岸巡防業務。民國88年3月18日國家安全會議提議成立「海巡專責機構」，統一國家海防事權，充分發揮整體效能；復經行政院成立籌備委員會研議，規劃納編原海岸司令部、內政部警政署水警局及財政部關稅總局緝私艦等任務執行單位，編成「行政院海岸巡防署」，並於民國89年1月14日經立法院審議三讀通過，由總統於同年1月26日公布，本局亦於2月17日揭牌成立，並由原秀峰營區搬遷至忠愛莊營區（現址）。