依據交通部「海難災害防救業務計畫」，本署及相關單位執行海難緊急應變之權責劃分如下︰

一、海洋委員會

督導所屬辦理海難案件救援及海洋油污染應變事項。

二、海洋委員會(海巡署)

（一）海上船舶海難之蒐證、處理事項。

（二）海難之船舶、人員及海上失事之航空器、人員之搜索、救助及緊急救護事項。

（三）於發生災害之海域，立即蒐集海難災情，並依海難災害事故緊急通報作業規定通報。

（四）海岸管制區之警戒及秩序之維護。

（五）協助執行船舶海難海洋污染應變處置。

（六）協助航政或港口經營管理機關(構)執行必要之海上交通疏導及管制措施。

（七）協助執行救難人員、物資、遇難人員之緊急運送措施。

三、交通部

（一）海難災害(船舶遇險)導致之海洋污染事件，啟動緊急應變機制之召集機關。

（二）交通運輸工具之徵用及調派。

（三）海、氣象資料提供。

（四）協調運輸業者提供存放罹難者所需冷凍貨櫃。

（五）督導各級海難救護機關及機構執行港口（商港、漁港、軍港、工業專用港、遊艇港）區域內海難之災害救護及處理事項。

（六）其他海難應變措施事項。

四、海洋委員會(海洋保育署)

（一）依據海洋污染防治法執行船舶海難海洋污染應變處置。

（二）運用擴散軟體或雷達監測污染擴散情形。

（三）衛星遙測監測評估污染範圍工作。

（四）督導海岸污染監測及污染範圍界定評估。

（五）督導地方政府或海岸管理機關執行污染海域水質採樣及污染物監測。

（六）督導地方政府或海岸管理機關執行海岸污染清理及其他有關環境保護應變措施事項。

（七）協請事件發生所在地方政府依據當地海洋污染應變地圖內容擬定清除計畫，內容須包括清除範圍、清理程度、監測作業、清除期限、動員能量等策略考量。

五、國防部

依中央災害應變中心指揮官指示，執行下列工作：

（一）督導國軍部隊待命執行重大海難災害搶救及人命搜救工作。

（二）所轄軍港執行海難災害應變措施有關事宜。

（三）協助各災害防救機關處理災害緊急應變有關搶救工作。

六、內政部

（一）督導所轄遊艇港海難災害應變措施有關事宜。

（二）督導協助消防等單位執行海岸岸際附近海難災害搶救事項。

（三）督導協助地方政府辦理罹難者遺體處理及殯葬等事宜；並視需要協調相關機關（構）配合辦理。

（四）督導執行災區岸際作業警戒及交通疏導維護及協助罹難者屍體相驗等事項。

（五）督導地方政府協助海岸管制區之警戒及秩序之維護。

（六）針對海事事故水下救援協助提供海圖等相關測繪資料。

七、外交部

（一）協助有關外籍傷亡或失蹤人員及船舶所有人之國籍身分查證事宜。

（二）災情狀況嚴重需國際救援之協調聯繫事項。

（三）督飭海外地區大使（領事）館適時協助我國海外遇難商、漁船與船員有關搜救協調等救助工作。

（四）其他有關涉外事項之協調聯繫。

八、法務部

督導各地方法院檢察署儘速辦理罹難者屍體相驗工作事項。

九、經濟部

（一）督導所轄港口(工業專用港)及離岸風電業者海難災害應變措施有關事宜。

（二）依據海洋污染防治法及相關法規督導及辦理轄管港口（工業專用港）及離岸風電業者船舶海難海洋污染應變處置。

十、衛生福利部

接獲海難災害發生通報，掌握地方政府緊急醫療救護系統啟動及人員收容情形，提供必要協助。

十一、農業部

（一）督導漁港主管(代管)機關執行漁港區域內之海難災害防救有關事宜。

（二）提供事故漁船之船籍、船舶所有人、船員、噸位等相關資料。

（三）漁船海難救護之應變及處置。

（四）督導漁業通訊電臺及漁業廣播電臺執行海難救援通報。

十二、環境部

接獲海難災害發生通報，掌握地方政府及油污清除之廢棄物收受。

十三、大陸委員會

（一）協助與大陸及港澳相關單位協調聯繫，及大陸、港澳罹難或受傷船(人)員及其家屬來臺等相關事宜。

（二）協助兩岸及港澳事務有關海難事件處理之協調。

十四、行政院國家搜救指揮中心

依據行政院國家搜救指揮中心作業手冊相關規定，執行人命搜救及緊急救護運送之任務。

十五、行政院新聞傳播處

協助中央災害防救業務主管機關，透過大眾傳播媒體加強報導災害應變措施及傳達最近訊息予社會大眾。

十六、行政院災害防救辦公室

辦理災情分析與防救災策略及作為等，提供建議予指揮官供其決策參裁。督考中央災害應變中心各機關處理海難災害防救事項。

十七、直轄市、縣(市)政府

（一）執行所轄港口及轄內遊憩區海難災害應變措施有關事宜。

（二）依據海洋污染防治法及相關法規督導及辦理轄管港口（漁港、商港、遊艇港）船舶海難海洋污染應變。

（三）協助執行海岸管制區之警戒及秩序之維護。

（四）提供臨時性收容場所。

（五）維護運送受傷、罹難者之交通路徑暢通及遺體之保存、處理。

（六）支援發生於海岸岸際附近之人員救援工作及協助提供陸上運送工具。

（七）啟動緊急醫療救護系統，安排傷患後送就醫等事宜。

（八）災害發生時海岸危險區域及管制區之劃定及限制、禁止之措施。

（九）災情蒐集與通報。

（十）各級政府應收集社群網站及通訊軟體等新媒體相關災情資訊，另有緊急危難狀況發生時，得運用災防告警細胞廣播系統發送災防告警訊息，並提升警示效能。

十八、國家科學及技術委員會

依據「重大海洋油污染緊急應變計畫」相關規定辦理協助海洋油污染調查、監測及評估事宜。