目前往返臺灣及東沙島，主要交通方式有飛機與船艦。駐島人員交通主賴飛機，區分民航機與軍機。

　　本署在照顧外島同仁方面可謂不遺餘力，考量東沙與臺灣距離遙遠，為了讓同仁休假更方便，本署與立榮航空簽約，採包機形式，於每週四自高雄小港機場出發飛往東沙，該班機當日回程，並載運返臺人員，航程約70分鐘；軍機亦是每月往返一航次，自屏東出發。若對比高雄到墾丁120分鐘，東沙回高雄的時間還比墾丁快，島上有一「島遠心近」石碑，其來有自。此外，本署於東沙島興建「岸際重力式碼頭」，第一階段已於97年底竣工，有效提升海域巡防能量，未來將視艦艇實際運作狀況，擴大辦理第二及第三階段。

　　船運方面，除了海軍例行軍艦往返之外，有本署立約之商船每月運補一次。運補當日，主要是由堆高機、大卡車等機具載運民生物資。

　　島上除了勤務及公務車輛，主要交通工具為自行車，多半由同仁視自身需求自購上島，本署東沙指揮部亦設立「東沙驛站」-自行車修護站，由具專長的同仁為大家修理自行車，並備茶水，閒暇之餘，也可以乘涼，成為東沙饒富趣味的一個好去處。

　　經過本署向高雄市政府申請，東沙島上亦有一條生態公車路線，公車乃向高雄市政府租用，由東沙指揮部的同仁擔當駕駛，行經路線為環島一週，主要實施接機服務，載運人員往返機場，於各點設有站牌，隨叫隨停，服務周到。