東沙環礁資源豐富，因地緣關係，常有大陸籍船舶在此捕魚或進行海底探勘，為維護東沙海域生態，本署各級同仁均努力加強海域驅離作為，經本署長年之努力，已收遏止非本國籍船筏越界作業成效，使東沙生態環境復育有顯著成果。

　　在海上救難方面，東沙的成效斐然，如同南海黑夜中一盞明燈，為鄰近各國受難的船隻及漁民提供最及時的援助。以民國101年8月26日的澎湖籍「得○○」救援案為例，當時「天秤」颱風以摧枯拉朽般的風勢重擊本島恆春地區後，受到第15號「布拉萬」颱風牽引往南行進，造成東沙島附近海域掀起狂濤巨浪，最大陣風達15級；「得○○」漁船不敵巨浪擱淺，本署東沙指揮部及東沙分隊人員，甘冒生命危險，隨即派艇搏浪救援，船上7名船員（臺籍3人、印尼籍4人）均安然獲救，廣受社會輿論好評。

　　再如101年12月18日，琉球籍「昇○○」號漁船於東沙海域附近發出遇險訊號，本署獲報後立即通報相關單位啟動救援機制，東沙指揮部利用島上雷達掌握「昇」船動態，另一方面透過漁業電台利用無線電呼號、衛星電話等，設法與「昇」船取得聯繫，最後出動2艇16人、結合空軍C130運輸機進行海空聯合搜救任務，並以起火冒煙之「昇」船為中心點、擴大搜救範圍，隨後在下午2時許，尋獲棄船逃生，載浮載沉的5名船員（台籍2人、印尼籍3人）並安全送往東沙島上安置。