1.艦隊分署 電話:02-28053990 新北市淡水區中正路一段63巷20號 
2.第一(基隆)海巡隊 電話:02-24621451 基隆市中正區中正路249號 
3.第二(淡水)海巡隊 電話:02-28051439 新北市淡水區觀海路251號 
4.第三(台中)海巡隊 電話:04-26572783 台中市清水區海濱里15鄰北堤路1-2號 
5.第四(台南)海巡隊 電話:06-2620217 台南市南區鯤鯓路601號 
6.第五(高雄)海巡隊 電話:07-5719553 高雄市旗津區北汕巷50-72號 
7.第六(花蓮)海巡隊 電話:03-8233781 花蓮市順興路43號 
8.第七(蘇澳)海巡隊 電話:039-961541 宜蘭縣蘇澳鎮港區路7之1號 
9.第八(澎湖)海巡隊 電話:06-9215221 澎湖縣馬公市案山里19鄰大案山200號 
10.第九(金門)海巡隊 電話:082-334261 金門縣金湖鎮料羅港1號 
11.第十(馬祖)海巡隊 電話:083-622647  馬祖南竿福沃村8鄰138號 
12.第十二(新竹)海巡隊 電話:03-5362570 新竹市新港南路99號 
13.第十三(布袋)海巡隊 電話:05-3472199 嘉義縣布袋鎮順安路79巷2號 
14.第十四(恆春)海巡隊 電話:08-8867125 屏東縣恆春鎮大光路79之44號 
15.第十五(台東)海巡隊 電話:089-280356 台東市富岡街296之1號  
16.第十六(澳底)海巡隊 電話:02-24902010 台北縣貢寮鄉真理村新港街128號 
17.北部地區機動海巡隊 電話:02-26194165 新北市八里區訊塘里6鄰厦竹圍7之9號 
18.中部地區機動海巡隊 電話:04-26583582 台中市清水區北堤路1-3號 
19.南部地區機動海巡隊 電話:07-5514141 高雄市鼓山區鼓山一路1號 
20.東部地區機動海巡隊 電話:03-8340180 花蓮市民有里北濱街31號 
21.直屬船隊 電話:07-6988006 高雄縣茄萣區崎漏里正遠路1號