﹝沿革﹞

我國海防工作長期以來係由內政部、國防部、財政部等單位，分別執掌相關事務，因事權不一，導致衍生諸多困擾，為改善前述弊端，國家安全會議於民國八十八年三月十八日提案成立『海岸巡防專責機構』，經行政院研議後，成立籌備委員會，籌劃編成整備工作，同時成立靖海專案小組，由原行政院顧問姚高橋先生擔任召集人，對台灣地區全面督訪，有效推動「加強防杜漁船走私農漁畜產品專案行動計畫」，績效卓著。

全案於八十九年元月二十八日正式成立「海岸巡防署」。成立當日，行政院長蕭萬長先生，蒞臨主持揭牌儀式，李總統登輝先生亦發表賀電，表達祝賀之意；典禮中黨、政、軍、警、司法等各界名流均到場祝賀，典禮全程莊嚴而隆重。

蕭院長於致詞中表示：『海岸巡防為國家安全的根本，但因為事權不一，且事務繁複，導致諸多民眾對海防事務產生困擾及誤解，甚至影響民生
、治安及國家安全，故成立海岸巡防署統一職權
，專責管理。』並期勉全署同仁，要凜於責任之重大，為創造國家、人民之福祉為目的，全力以赴。

﹝任務﹞

行政院海岸巡防署為維護台灣地區海域及海岸秩序，與資源之保護利用，確保國家安全，保護人民權益，依法負責掌理下列事項：

一、海岸管制區之管制及安全維護事項。

二、入出港船舶或其他水上運輸工具之安全檢查
　　事項。

三、海域、海岸、河口與非通商口岸之查緝走私
　　、防止止非法入出國、 執行通商口岸人員
　　之安全檢查他犯罪調查事項。

四、海域及海岸巡防涉外事務之協調、調查及處
　　理事項 。

五、走私情報之蒐集，滲透及安全情報之調查處
　　理事項 。

六、海洋事務研究發展事項。

七、執行事項：

﹝一﹞海上交通秩序之管制及維護事項。

﹝二﹞海上救難、海洋災害救護及海上糾紛之處
　　　理事項。

﹝三﹞漁業巡護及漁業資源之維護事項。

﹝四﹞海洋環境保護及保育事項。

八、其他有關海岸巡防之事項。

有關海域及海岸巡防國家安全情報部分，並受國家安全局之指導、協調及支援。