民國八十九年元月十四日，有關設立海岸巡防專責機構之海岸巡防法、行政院海岸巡防署組織法、行政院海岸巡防署海岸巡防總局組織條例及行政院海岸巡防署海岸巡防總局各地區巡防局組織通則等法律案，經立法院三讀通過，並由總統於同年元月廿六日公布，同年元月廿八日單位成立總局即於同年二月十六日正式揭牌運作，掌理海岸與非通商口岸查緝走私、偷渡、犯罪偵防及海岸管制區之檢查管制，並協助通商口岸之安全檢查等事項，有效建立強固的海岸線，維護國家整體安全。

二、任務執掌
　　加強海岸巡防工作，維護海域及海岸秩序與資源之保護利用，籌建各式執勤裝備，強化勤務功能，確保人民生命及財產安全。