此為行政院海岸巡防署海岸巡防總局之組織架構，海岸巡防總局以下為局本部、巡防組、檢管組、情報組、後勤組、通資組、秘書室、人事室、會計室、督察室、勤務指揮中心、人員研習中心、警衛大隊、通資作業大隊、北部地區巡防局、中部地區巡防局、南部地區巡防局、東部地區巡防局；巡防組以下為聯勤科、岸勤科、訓練科；檢管組以下為商檢科、漁檢科；情報組以下為情報偵稽科、情報研管科；後勤組以下為補保科、採購科、營工科；秘書室以下為企劃科、文書科、總務科、公關科；人事室以下為人力規劃科、考訓給與科、心理諮商科；會計室以下為歲計科、會計科、統計科。