巡防組為海岸巡防總局幕僚單位之一，下設聯合勤務、岸勤、訓練等三個科，負責全般業務之執行，各科業務職掌如下：

〈一〉關於聯合緝私事項。
〈二〉關於巡防法規、準則、業務手冊之修〈訂〉頒綜整事項。
〈三〉關於岸際巡防與國防事務權責劃分之協調及聯繫事項。
〈四〉關於查獲走私、非法入出國案件，案件請獎作業事項。
〈五〉關於查獲走私、非法入出國案件之統計分析綜合事項。
〈六〉關於本組年度施政計畫之編列及管制事項。
〈七〉關於本組人事、行政綜合事項。
〈八〉關於巡防業務之各項會議〈報〉綜整事項。
〈九〉關於巡防組不屬其他各科掌理事項。
〈十〉其他有關聯合勤務事項。

〈一〉關於岸際巡防勤務規劃指導、督導計畫之策頒及考核事項。
〈二〉關於岸際巡防任務演訓訓令策訂及督考事項。
〈三〉關於友軍單位有關海岸巡防任務之協調聯繫事項。
〈四〉關於大陸漁工錨泊區會勘相關事宜之協調事項。
〈五〉關於各界參訪岸際巡防之簡報及相關協調事項。
〈六〉關於北、中、南、東部〈外離島〉地區兵力部署指導、長官視導之協調事項。
〈七〉關於岸際巡防單位建案之審查及協調事項。
〈八〉關於岸際巡防相關研究發展、指導執行、督考事項。
〈九〉關於海岸監控系統勤務需求指導及審核事項。
〈十〉關於河口搜檢勤務規劃事項。
〈十一〉關於海岸管制區範圍審查與會銜公告事項。
〈十二〉其他有關岸勤勤務事項。

〈一〉關於年度訓練計畫與各項訓練綱要計畫擬定、督導及指導事項。
〈二〉關於人員研習中心訓練計畫執行管制事項。
〈三〉關於船艇專業訓練計畫擬訂與考照之協調、聯絡及管制事項。
〈四〉關於訓練〈運動〉場地、器材〈含喊話器〉之建案、管制及指導事項。
〈五〉關於訓練用彈、用油之申請、撥發、運用及管制事項。
〈六〉關於服勤犬訓練〈含運用〉之管制及督導事項。
〈七〉關於射擊通報之轉發、核定及管制事項。
〈八〉關於訓練中、長程施政計畫之研擬、管制事項。
〈九〉關於司法警察訓練計畫之研擬管制事項。
〈十〉關於受理民眾報案作業之計畫策定、管制及督導事項。
〈十一〉其他有關訓練事項。