〈一〉商港安全檢查工作協調、聯繫相關事宜。
〈二〉海交專案工作相關事宜之處理。
〈三〉出港船舶、船員、物品安全檢查相關事宜。
〈四〉環島航線進出港船員證照查驗事項。
〈五〉人民、機關、團體及學校申請進出港事宜。
〈六〉闢商港安檢事項處理。
〈七〉有關商港〈船〉禁、限航工作之處理。
〈八〉輪船〈員〉申請航往限航地區及違規案件之處理。
〈九〉聯合緝私專案相關工作之處理與執行。
〈十〉商、漁船員因案，經司、軍法及其他機關限制出海對象案件。
〈十一〉航業保防業務。
〈十二〉國軍射擊通報之處理。
〈十三〉金馬航線電報申請業務。
〈十四〉商港安檢設施之整備、規劃與管理。
〈十五〉商港船舶、船員安檢作為之策劃、執行。
〈十六〉商港安檢法令測驗與考核。
〈十七〉商港安全檢查施政計畫之釐訂與執行。
〈十八〉商輪涉嫌走私、偷渡案件之處理。
〈十九〉安檢法令彙編與研修事項。
〈二十〉商港安檢工作各項表列統計與分析運用。
〈廿一〉安檢裝備之整備與養護。
〈廿二〉中油公司海域探勘工作人員進出港安檢事宜。
〈廿三〉查核進出港船舶載運械彈事宜。