秘書室分設四科，各科職掌事項如下：

〈一〉關於本總局海岸巡防政策之推動、執行事項。
〈二〉關於本總局中、長程計畫之審議、彙編、建議及推動事項。
〈三〉關於本總局重要行政計畫之審議、彙編及建議事項。
〈四〉關於本總局年度施政計畫資本支出之彙編、建議管制事項。
〈五〉關於綜合性專案研究工作協調推動及成果追蹤事項。
〈六〉關於重要施政計畫案件管制考核資料之建立、協調、追蹤管制、考評事項。
〈七〉關於行政訴訟及國家賠償事件業務之協調、處理事項。
〈八〉關於組織編制業務之處理事項。
〈九〉其他有關企劃及法規事項。
〈十〉關於秘書室不屬其他各科事項。

〈一〉關於本總局印信蓋用及典守事項。
〈二〉關於公文處理之規劃、督檢及收發、分辦事項。
〈三〉關於週報、會報之規劃、紀錄整理及分行事項。
〈四〉關於各項會議〈報〉、活動行程管制事項。
〈五〉關於歸檔案件之點收、分類、編目、典藏、清點、借調及保管事項。
〈六〉關於已失效檔案之處理事項。
〈七〉關於對署長〈含〉以上長官「簡報」資料之蒐整及製作事項。
〈八〉關於不屬其他各處、中心公文之分發及簽陳裁處事項。
〈九〉其他有關文書管理事項。

〈一〉關於本總局現金、票據及有價證券之收入、支付及保管等事項。
〈二〉關於本總局員工薪餉造冊發放與所得稅、保險費及歲入款等事項。
〈三〉關於本總局辦公場所與宿舍之環境清潔護、分配管理及管制等事項。
〈四〉關於本總局膳食管理等事項。
〈五〉關於本總局福利站設置及管理等事項。
〈六〉關於本總局事務用品〈消耗性物品〉採購、管理與非消耗性物品管理及清點事項。
〈七〉關於本總局水電管理及辦公廳舍零星修繕等事項。
〈八〉關於本總局警衛安全及會客室管理等事項。
〈九〉關於工務車輛分配及調派等事項。
〈十〉其他有關總務等事項。

〈一〉關於總局長機要文件之處理事項。
〈二〉關於總局長對外函件之處理事項。
〈三〉關於總局長參加會議時間之登記及洽辦事項。
〈四〉關於總局長來訪賓客之登記、接待事項。
〈五〉關於立法院、監察院各種會議或巡察建議案、決議案、質詢案之分辦、彙整、協調
　　　及聯繫事項。
〈六〉關於輿論因應及新聞發布、聯絡事項。
〈七〉關於國內外各界人士參觀訪問拜會之接待事項。
〈八〉關於民意機關洽詢案件及為便民服務事項。
〈九〉其他有關公共關係事項。