〈一〉關於本總局海岸巡防政策之推動、執行事項。
〈二〉關於本總局中、長程計畫之審議、彙編、建議及推動事項。
〈三〉關於本總局重要行政計畫之審議、彙編及建議事項。
〈四〉關於本總局年度施政計畫資本支出之彙編、建議管制事項。
〈五〉關於綜合性專案研究工作協調推動及成果追蹤事項。
〈六〉關於重要施政計畫案件管制考核資料之建立、協調、追蹤管制、考評事項。
〈七〉關於行政訴訟及國家賠償事件業務之協調、處理事項。
〈八〉關於組織編制業務之處理事項。
〈九〉其他有關企劃及法規事項。
〈十〉關於秘書室不屬其他各科事項。