本局 於民國89年2月16日正式掛牌運作

我國海防工作長期以來係由內政部、國防部、財政部等單位，分別執掌相關事務，因事權不一，導致衍生諸多困擾，為改善前述弊端，國家安全會議於民國88年3月18日提案成立「海岸巡防專責機構」，經行政院研議後成立籌備委員會及籌劃編成整備工作，同時成立靖海專案小組，由原行政院顧問姚高橋先生（本署第一任署長）擔任召集人（現任署長為王進旺先生），對台灣地區及外離島全面督訪、有效推動「加強防杜漁船走私農漁畜產品專案行動計畫」，績效卓著。全案於89年1月28日正式成立「行政院海岸巡防署」，於2月1日掛牌運作。其次，海洋巡防總局於同年2月2日、海岸巡防總局與各地區巡防局於2月16日同步掛牌運作。

本局前身為中部地區海岸巡防司令部，由臺中市青海路原址遷駐至臺中縣清水鎮現址，執行各項海岸巡防計畫策訂及指導事項。現任局長為龔光宇先生綜理局務，副局長為姜廷基先生及副局長廖維新先生襄理局務。行政組織設有巡防科、檢查管制科、情報科、後勤科、通電資訊科、秘書室、人事室、會計室、督察室、勤指中心、採購科及司法小組。

  自91年8月1日起，為有效提升本局暨所屬機構之行政效率，並因應岸巡總局組織調整方案，透過「提升執行勤務位階」、「組織扁平化」原則，使各單位均能發揮最大效能。在不增加員額、編階等原則下，仍維持現行責任轄區的做法，本局所屬岸巡機構將調整成「岸巡總隊、大隊」、「安檢所、機動巡邏站」兩個層級，現有苗栗、台中、彰化、雲林、嘉義及金門機動查緝隊維持不變，岸巡單位則設有 第三二岸巡大隊（苗栗後龍）、第三岸巡總隊（台中清水）、第四一岸巡大隊（彰化鹿港）、第四二岸巡大隊（雲林麥寮） 、第四岸巡總隊（嘉義朴子）及第九岸巡總隊（金門縣），並設有訓練大隊（台中清水）並下轄第一、第二、第三訓練中隊，均直接隸屬於本局指揮管轄。漁港安檢基層人力由安檢所負責，另外複雜地區或機動能力無法在十至十五分鐘到達之地點，規劃設置以義務役役男為執勤主力的機動巡邏組，以彌補岸際聯絡空隙。

　　為使各級岸巡單位勤務部署及人力配置更合理，有利各項勤務之規劃與執行，且符合政府組織再造之精神，亦自92年9月1日起，為有效運用現有人力，配合近岸巡防艇及新型岸際雷達建置，以發揮「科技裝備取代人力」之精神，調整岸巡勤務部署以「安檢所為中心，輔以近岸海域巡邏，有效節約岸際勤務人力，發揮『岸海勤務統合』及提昇『海岸管理及海域監控』效能」之構想，同步檢討將所屬機動巡邏站責任地境歸併安檢所，簡併騰餘之人力，除部份轉用於近岸巡防艇、訓練大隊及於岸巡總（大）隊編成機動組外，餘全數納編至安檢所服勤。

　　本局自去（94）年3月起為落實上級「地區責任制岸海統合勤務」政策，於4月16日成立「行政院海岸巡防署第十二巡防區」（先行試辦），並經署長許先生、總局長賀先生及各級長官視導各項整備情形後，於7月1日一併成立行政院海岸巡防署第四、第五巡防區，第四巡防區下轄三二大隊、三總隊、四一大隊、第三海巡隊、苗栗、台中、彰化機動查緝隊等七個單位；第五巡防區下轄四二大隊、四總隊、第十三海巡隊、雲林、嘉義機動查緝隊等五個單位；第十二巡防區下轄九總隊、第九海巡隊、金門機動查緝隊等三個單位，責任區均以縣市地境劃分，現正執行岸海統合勤務，成效顯著。

　　海岸巡防為國家安全的根本，因事權不一且事務繁複，導致諸多民眾對海防事務產生困擾及誤解，甚至影響民生、治安及國家安全，故成立海岸巡防署統一職權，專責管理。期勉 海巡同仁，凜於責任之重大，為創造國家、人民之福祉為目的，全力以赴。

「國防部海岸巡防司令部」+「內政部警政署水上警察局」
+「財政部關稅總局部分緝私艦艇」=「行政院海岸巡防署」。