海巡署成立，因所屬成員皆來自不同屬性之機關﹙單位﹚，勢必產生工作適應及調適等心理問題，需要有專責心理諮商輔導人員來協助解決，因此，署及海岸巡防總局ˋ海洋巡防總局，編成心理諮商科專責諮商輔導業務，各地區巡防局、總隊、大隊均編制一員心理輔導官，機動海巡隊﹙含艦艇﹚、海巡隊均指定具有服務、熱心之專責人員負責承辦本業務，以有效落實心理諮商輔導功能。

為使單位成員能接納各級心理諮商人員之輔導，並樹立專業形象，本署所有心理諮商人員皆以『溫老師』為代名，其意義包含：以『溫暖』的態度面對來談者，使其感受被支持、肯定、關心、接納並受歡迎；另為落實各項服務功能，協助全體同仁解決疑難隱衷，各級均設立「溫老師服務室」及「免付費0800專線」，提供同仁使用，使遭遇困難人員可迅速向『溫老師』尋求解決之道，以促進單位團結、和諧，確保安全。