本署為增進國際海洋事務合作成效,除出席「第12屆跨境有組織犯罪暨恐怖主義國際研討會(ICTOCT)」及強化海上執法國際會議,汲取國際犯罪偵查新知及廣拓跨國查緝網絡,提高海域執法效能外,並依年度計畫配合出席「處理南中國海潛在衝突會議」及「中西太平洋漁業委員會之技術及紀律次委員會(TCC)會議」等國際會議,另依主辦單位邀請出席馬來西亞海洋研究院「海上執法職前訓練研討會」、韓國「國際海事災害及安全論壇」,積極參與國際性海洋事務活動,拓展國際聯繫網絡與強化涉外事務能量,提升跨國打擊犯罪、共同處理海上事件,展現海洋事務關係成效。
3.2013年9月22日起,本署派員常駐我國駐菲律賓馬尼拉代表處,積極處理台菲海事案件及加強台菲聯繫,迄今(2016年3月底)因應台菲海上事件及促進雙方交流情形統計如下表: