| 對外願景 | ||
| 守護南台灣海岸的執法機關 為實現此願景，我們積極達成以下目標： | ||
| 阻絕岸海犯罪 | 精進情蒐佈建，重點查緝與預防嚇阻並重，結合岸、海巡防能量，建構綿密犯罪防制網，阻絕南台灣岸海犯罪，保障人民生命、財產安全。 | |
| 護育生態資源 | 防治岸海污染、保育自然生態、維護漁業資源。 | |
| 整備污染防處能量，加強專業人員訓練，迅速抵達事故岸海，有效防止污染擴散，提昇防治效能。 | ||
| 結合漁政、環保、觀光、國家公園等主管機關， 對違反保育及漁業相關法規案件，依法執行取締、蒐證及移送作業，以 維護岸海生物多樣性，水產資源與自然生態平衡 。 | ||
| 加強漁船進出港安全檢查，防杜攜帶電纜、炸藥及毒藥等違禁物品，並結合漁政、環保、國家公園、觀光、航政、軍事、警察等單位，共同維護漁業資源。 | ||
| 塑造執法威信 | 精進執法專業素養，堅定執法嚴正立場，依法行政，無畏無懼，成為值得民眾信賴、託付的執法機關。 | |
| 講求服務便民 | 安檢規定公開化，服務流程標準化，提供民眾正確的資訊、親切的服務，拉近與民眾距離，成為民眾工作與生活的夥伴。 | |
| 對內願景 | ||
| 快樂有勁的南巡人 為實現此願景，我們積極達成以下目標： | ||
| 營造快樂的工作環境 | 建立暢通的溝通管道，塑造有尊嚴的工作環境，人人自重，彼此互信，積極樂觀，以活力南巡為目標前進。 | |
| 建立效率、默契的行動團隊 | 目標一致，行動一體，榮辱與共，展現旺盛的鬥志與精準有效的團隊工作執行力。 | |