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巡防科：

1. 『海嘯災害防救演練』執行計畫 (請向業務主管單位查詢) (94.08.21)-南局巡字第 0940015006 號
2. 南部地區巡防局『風險管理小組』作業規定 (95.03.31)-南局巡字第 0950005691 號
3. 南部地區巡防局『安海專案』海岸工作執行計畫(請向業務主管單位查詢) (95.08.15)-南局巡字第 0950013959 號
4. 南部地區巡防局『貫徹公權力』實施計畫(請向業務主管單位查詢) (95.03.07)-南局巡字第 0950003924 號
5. 南部地區巡防局95年『鎮海工作』執行計畫(請向業務主管單位查詢) (95.01.13)-南局巡字第 0950000250 號
6. 南部地區巡防局第十三巡防區『晴空專案』聯合掃蕩勤務實施計畫(請向業務主管單位查詢) (94.10.16)-南局巡字第 0940019255 號
7. 南部地區巡防局『各類勤務執勤人員攜行槍械規定』(請向業務主管單位查詢) (95.03.02)-南局巡字第 0950003457 號
8. 南部地區巡防局『地區責任制岸、海聯合勤務』實施作業規定(請向業務主管單位查詢) (94.06.15)-南局巡字第 0940010593 號
9. 南部地區巡防局 執勤時『安全維護及應(制)變處置』執行要點(請向業務主管單位查詢) (95.02.14)-南局巡字第 0950002708 號
10. 南部地區巡防局『充氣式救生艇』鑑測實施規定(請向業務主管單位查詢) (94.12.12)-南局巡字第 0940023125 號
11. 南部地區巡防局『海域執法勤務見學』實施規定(請向業務主管單位查詢) (94.12.12)-南局巡字第 0940023123 號
12. 南部地區巡防局『加菜金核發及帳務處理作業要點及修訂基準表』 (96.06.07)-南局巡字第 0960010612 號
13. 南部區巡防局『訓練實施計畫』 (95.01.25)-南局巡字第 0950001571 號
14. 南部地區巡防局『海巡勤務夜點費請領支用作業規定』(請向業務主管單位查詢) (96.12.03)-南局巡字第 0960022017 號

檢管科：

1. 1. 南部地區巡防局『安檢勤務督考實施規定』(查詢請向業務主管單位) (94.12.15)-南局檢字第0940023453 號
2. 2. 南部地區巡防局『港巡艇筏執勤實施規定』(查詢請向業務主管單位) (94.12.27)-南局檢字第0940024036號
3. 3. 南部地區巡防局『安檢裝備管理維護作業暨操作訓練規定』（查詢請向業務主管單位) (94.12.21)-南局檢字第0940023721號
4. 4. 南部地區巡防局『對重大傳染病防治應變行動準據』(查詢請向業務主管單位) (94.11.15)-南局檢字第0940020944號
5. 5. 南部地區巡防局『港區監視系統保養維護具體執行計畫』(查詢請向業務主管單位) (94.12.15)-南局檢字第0940023369號
6. 6. 南部地區巡防局『安檢資訊系統作業具體執行計畫』(查詢請向業務主管單位) (95.03.01)-日南局檢字第0950003218號
7. 7. 南部地區巡防局『港口及港內船舶遭受劫持或破壞事件處理作業規定』(查詢請向業務主管單位) (92.4.25)-南局檢字第0920005928號
8. 8. 南部地區巡防局『簡化漁港安全檢查作業指導計畫』(查詢請向業務主管單位) (91.05.17)-南局檢字第 0910005959 號

情報科：

1. 南部地區巡防局『情(偵)蒐裝備保養執行計畫』(請向業務主管單位查詢) (95.01.11)-南局情字第 0950000759 號
2. 南部地區巡防局『漁業用油非法流用』查緝工作專案實施計畫(請向業務主管單位查詢) (94.11.17)-南局情字第 0940020935 號
3. 南部地區巡防局辦理『海巡服務』細部執行計畫 (95.9.25)-南局情字第 0950016960 號
4. 南部地區巡防局所屬機動查緝隊個案績效獎勵基準表(請向業務主管單位查詢) (95.02.21)-南局情字第 0950003116 號

後勤科：

1. 南部地區巡防局『水電管制實施規定』 (95.03.14)-南局後字第 0950004438 號
2. 南部地區巡防局『醫療照顧』具體作法 (95.02.21)-南局後字第 0950003124 號
3. 南部地區巡防局『械彈管制清點、檢查』實施計劃(請向業務主管單位查詢) (95.12.18)-南局通字第 0950022131 號
4. 南部地區巡防局『裝備保修』作業規定 (95.12.25)-南局後字第 0950022588 號
5. 南部地區巡防局『裝備檢查』實施規定 (95.12.22)-南局後字第 0950022474 號
6. 南部地區巡防局『外島地區專用裝備預防保養』作業規定 (95.12.22)-南局後字第 0950022473 號
7. 南部地區巡防局『國有公用財產清查盤點』實施計畫 (95.09.18)-南局後字第 0950016490 號
8. 南部地區巡防局所屬單位列管空置營區巡查維護計畫 (96.06.08)-南局通字第 0940000038 號

採購科：

1. 南部地區巡防局『採購作業要點暨參考資料』 (95.11.22)-南局後字第 0950020391 號

通資科：

1. 南部地區巡防局『有線電通信作業規定』實施規定 (95.12.14)-南局通字第 0950021959 號
2. 南部地區巡防局『有線（衛星）電視使用管理』實施規定 (95.12.26)-南局通字第 0950022629 號
3. 南部地區巡防局『通資裝備補保』作業規定 (95.12.07)-南局通字第 0950021424 號
4. 南部地區巡防局『多媒體教室』管理規定 (92.05.05)-南局通字第 0920006416 號
5. 南部地區巡防局『電子郵件使用管理』實施規定 (94.07.29)-南局通字第 0940012271 號
6. 南部地區巡防局96年度『無線電通信細部作業規定』(請向業務主管單位查詢) (95.12.26)-南局通字第 0950022659 號
7. 南部地區巡防局96年度『密碼電務緊急應變措施』(請向業務主管單位查詢) (95.12.27)-南局通字第 0950022677 號

督察室：

1. 南部地區巡防局『督察工作督訪』實施要點 (94.12.13)-南局督字第 0940023203 號
2. 南部地區巡防局『公務機密維護檢查實施』作業要點 (93.10.02)-南局督字第 0930018558 號
3. 南部地區巡防局『風紀狀況評比』實施規定 (91.09.13)-南局督字第 0930015425 號
4. 南部地區巡防局『申訴處理』作業規定 (89.03.06)-南局督字第 0890001388 號
5. 南部地區巡防局『端正政風防制貪污工作』實施計畫 (91.06.07)-南局督字第 0910006609 號
6. 南部地區巡防局『影印機、傳真機、製版機及多功能事務機』使用管理規定 (94.01.13)-南局督字第 0940000913 號

人事室：

1. 南部地區巡防局『工作場所性騷擾防治措施、申訴及懲戒處理要點』(95.05.08)-南局人字第 0950007970號
2. 南部地區巡防局『性騷擾防治、申訴及調查處理要點』(95.05.08)-南局人字第 0950007970號
3. 南部地區巡防局『員工差勤管理規定』(94.11.16)-南局人字第 0940021404號
4. 南部地區巡防局『在營常備兵轉服專業志願士兵暨儲備士官』作業規定(94.12.05)-南局人字第 0940021924號
5. 南部地區巡防局『軍職人員週休二日實施規定』(請向業務主管單位查詢) (94.07.13)-南局人字第 0940011092 號
6. 南部地區巡防局『員工交通補助費核發規定』 (92.12.26)-南局人字第 0920020914 號
7. 南部地區巡防局『人員臨時支援管制作業辦法』 (93.04.29)-南局人字第 0930008197 號
8. 南部地區巡防局『巡防士官班甄選訓練實施計畫』 (93.09.29)-南局人字第 0930016940 號
9. 南部地區巡防局『軍職人事資訊及兵籍資料考評管理作業要點』 (93.05.03)-南局人字第 0930008335 號
10. 南部地區巡防局『內部管理檢查實施規定』 (93.06.02)-南局人字第 0930010073 號
11. 南部地區巡防局『各級心理諮商輔導工作具體做法』(請向業務主管單位查詢) (94.11.09)-南局人字第 0940020962 號
12. 南部地區巡防局『軍、文職人員加(值)班費支給標準表』(請向業務主管單位查詢) (95.05.08)-南局人字第 0950002056 號
13. 南部地區巡防局『人員參加訓練進行應行注意事項』(請向業務主管單位查詢) (94.08.01)-南局人字第 0940012082 號

秘書室：

1. 南部地區巡防局新聞發布作業規定 (93.08.23)-南局秘字第 0930010503 號
2. 南部地區巡防局加強國會聯繫作業實施規 (94.01.16)-南局秘字第 0940001193 號
3. 南部地區巡防局績效考評作業規定 (95.04.27)-南局秘字第 0950008354 號
4. 南部地區巡防局檔案應用服務須知 (93.08.25)-南局秘字第 0930016048 號
5. 南部地區巡防局所屬單位檔案銷毀實施規定 (92.08.12)-南局秘字第 0920012617 號
6. 南部地區巡防局提升服務品質執行計畫 (96.07.23)-南局秘字第 0940024428 號
7. 南部地區巡防局法制教育執行要點 (95.12.07)-南局秘字第 0950021374 號
8. 南部地區巡防局施政計畫管制作業規定 (95.12.07)-南局秘字第 0950021374 號