本局依法掌理執行海洋資源保護及保育事項，成立以來積極推動各項維護措施不遺餘力。感謝您長年不吝指教，讓我們有更加成長與精進的空間，共同為使台灣的海洋更美麗、更多元而努力。
南沙淨灘活動
◎海洋生態保育執行依據：
本局為保育海洋生物，維護物種多樣性，水產資源與自然生態平衡，並永續利用海洋資源，依海岸巡防法、野生動物保育法及其施行細則、國家公園法及其施行細則、文化資產保存法及其施行細則、漁業法及其施行細則等，執行海洋生態保育工作。
◎海洋生態遭破壞原因：
海洋生態遭受危害之原因，除全球溫室效應所引起的水溫上升，海流氣候變化，海平面上升，紫外線殺傷浮游幼生等天然因素外，概有以下人為原因：
- 過漁：新型漁法漁具不斷發明，使魚類無所遁形，再加上濫捕，使許多魚種已漸商業化滅絕。
- 棲地破壞：近20、30年來由於高度開發建設，天然海岸迅速消失，過度及不當的遊憩活動，使得許多需靠賴潮間帶孵育成長的海生物失去庇護所，漁網或廢棄之流刺網覆蓋，也使珊瑚礁死亡或魚兒掛網。
- 優養化、污染、有毒廢棄物、油污：此現象使得台灣西部海岸經常發生魚群、文蛤暴斃事件，山坡地水土保持不良，使大雨後海水混濁，沉積物使珊瑚死亡，台灣的海底垃圾也特別多。
- 外來種引入：貨櫃輪壓艙水及油污染，水產養殖外來種之逸出及入侵等。
◎海洋生態保育具體措施：
本局為執行海洋生態保育與維護水產資源，以現有之人力設備，藉每日勤務時機，於海域及海岸地區，對違反保育及漁業相關法規案件，依法執行取締、蒐證及移送事項。並針對重要棲地採取保護作為：
- 一、東沙地區：
- 二、南沙地區：
- 三、台澎金馬地區：
為維護及保育東沙地區珊瑚礁資源，結合高雄市政府公告12浬內禁漁，依法取締違法行為，並配合農委會漁業署或機關學校（如國立海洋生物博物館、中山大學、海洋大學）進行資源調查、生態監測研究及棲地復育。指揮部在長年淨灘及嚴格管制垃圾分類努力下，93年 5月20日中央研究院動物研究所副研究員鄭明修博士登島潛勘，估計復育珊瑚約達 10%以上，其中以團塊珊瑚居多。
南沙指揮部長年實施海岸淨灘工作，加助生物成長，並加強取締、驅離外國籍漁船進入週邊海域非法捕魚，以保育當地海洋資源。南沙太平島為綠蠵龜重要產卵地，產卵季節於2月至8月間 ，又以 7、8月較多，均利用夜間滿潮時自沙灘上岸，每隻每次產卵百餘顆。為確保綠蠵龜登島產卵路徑暢通，指揮部除清除沙灘刺絲，並要求巡查人員，發現綠蠵龜受困立即施救，確保其自然孕育。93年 7月16日又完成候鳥飲水區，提供棲息並保護生態。
運用現有人力及艦艇，加強查緝沿近海違規拖網、﹝魚勿﹞鱙魚、櫻花蝦及燈火漁業捕撈，巡護燕鷗保護區；另規劃辦理「全民海巡、活力海洋」系列活動，鼓勵民眾親近海洋，進而投入海洋生態保育工作，並與當地漁政、環保、觀光、國家公園等主管機關，保持密切協調聯繫，及洽請相關機關（構）或團體，辦理專業訓練，確保海洋生態繁榮。
●最新訊息公告
- ﹝魚勿﹞鱙魚捕撈禁漁期
- 沿近海違規捕魚
- 禁止捕撈櫻花蝦
- 福建省連江縣燕鷗繁殖季節公告
- 東沙群島禁止採捕水產動植物
- 沿近海域燈火漁業禁漁區有關限制事項
- 公告綠蠵龜保護區
- 苗栗縣公告通霄第二魚礁禁漁區位置及有關限制事宜
- 新竹市公告94年度魚勿鱙漁業禁漁期
- 基隆市政府公告「本市沿岸海域（如示意圖）禁止使用多層刺網（含2層）採捕水產動植物及有關限制事宜」
- 苗栗縣政府公告外埔投放表層人工浮魚礁禁漁區的位置及有關限制事宜
- 基隆市政府公告基隆（二）一組中層人工浮魚礁禁漁區位置及有關限制事宜
- 臺北縣政府公告修正本縣水產動植物之繁殖保育區及限制或禁止事項
- 台東縣政府公告蘭嶼沿岸6浬海域內追逐網與流刺網漁業禁止及限制事項，並自即日起生效
- 東沙環礁國家公園區內禁止事項
- 南沙太平島成立海龜保育區
