一、對漁船（筏）逃避或拒絕安檢之處置。
安檢人員發動檢查後，發現船舶有拒絕或逃避接受檢查之行為時，仍應持續發動檢查【以吹哨、揮舞紅色旗幟（夜間揮舞交管棒）或使用港區播音系統等方式】，告知船長立即停船接受檢查。倘為出港船筏拒絕接受檢查，立即通報雷哨鎖定及海巡艦艇前往查緝，執行登臨檢查；若為進港船筏拒絕接受檢查，則立即通報港巡或監卸人員先行前往，機動兵力隨即前往支援，並記錄於執勤工作紀錄簿及回報總、大隊勤務管制室。查獲該船後，如無正當理由則依違反國安法第6條之規定，函送（或隨案移送）司法機關（地檢署），並副知當地航、漁政機關。刑事案件移送書應載明其違法事實之構成要件（包含已發動檢查，其為無正當理由拒絕或逃避檢查之事實），始足以構成違法；另副知漁、航政機關時，如為娛樂漁業漁船，應註明違反「娛樂漁業管理辦法」第20條之規定。處置時特須注重全程錄音、錄影之蒐證作為，以作為後續偵辦作業之依據。
二、發現非設籍於該漁船之船員出海作業。
當安檢人員發現非設籍該漁船之船員欲出海作業時，應請其依「漁船船員手冊及幹部船員執業證書核發作業要點」第7點規定，7日內前往漁會辦理異動登記，惟為服務漁民並維護漁民自身權益，安檢單位不可限制出海。
三、外國籍船舶申請進出漁港之處置。
安檢所對外國船舶（客貨輪等）申請進出漁港時，除因緊急事故或危難需進港避難外，應依船舶法、航業法等相關規定，不予受理其進出港之申請，並請其依規定向航政單位申請靠泊經公告指定之商港或其他處所。外國船舶如因機件故障、遇難或避難等緊急事故申請進入漁港時，岸巡總、大隊應通報縣(市)政府漁政主管機關及轄內警察局外事單位處理，並派員警戒同時注意渠等船員不得上岸，俟縣(市)政府漁政主管機關及警察局外事單位到場後，安檢所應配合其執行「漁港安全檢查」工作。針對外國籍漁船申請靠泊本國漁港時，應依漁港法第16條及其施行細則第9條之規定，於3天前以申請書檢具相關證件向當地漁港管理機關申請核可後，安檢所始配合辦理安檢相關事宜（請參考行政院農業委員會函頒之「外國籍漁船進出漁港許可審查作業要點」及「外國籍漁船進出國際商港或漁港之申請、審核及檢查流程」辦理）。
四、發現船舶超載之行為時。
安檢單位如發現船舶（含娛樂漁業漁船）未依航政主管機關核定乘客定額超載時，基於維護民眾生命財產安全，應「態度和藹」、「立場堅定」勸告業者及船長請其改善後始得航行，並以拍照或攝影方式將勸導經過及違規行為蒐證，必要時以適當方式（如運用船上或安檢所設置之廣播系統及以告示牌舉發）將原委告知乘客，依情狀開立勸導單（請船長簽名，如拒絕簽名則應註明理由），盡力阻止。船舶超載經勸阻無效時，應再次告知船長該船超載不可出海，並將經過情形登錄於執勤工作紀錄簿（包括超載行為及勸阻經過），如該船執意出港，應通報岸際雷達及守望哨加強監控，海巡艦艇實施海上監控及登臨檢查，以及請航、漁政主管機關（縣市漁政主管機關及港務局）協處，由總、大隊檢附船舶相關證照影本，船主（長）基資、乘客人員名冊影本、相片（或錄影帶）、相關表、簿冊影本等，函送當地航政主管機關或縣(市)政府處理。如超載之船舶係屬漁船，則依前項第1點之作法，予以勸阻、蒐證，勸阻無效時，即將相關違法行為、相片、搭載人員名冊，併同漁業證照、執勤工作紀錄簿、進出港安檢記錄、勸導單等，函請縣(市)政府漁政主管機關處理，並副知漁業署。
五、發現漁民之漁獲均為整箱包裝或顯可疑非自行採捕之漁獲。
安檢所發現漁民之漁獲物均為整箱包裝或其漁獲非本轄海域可捕獲之水產動植物時，應即查明其漁船設備、漁具以及其作業海域之漁汛資料等，並協請區漁會或縣政府漁業課等相關單位協助鑑定，以研判其是否為非法海上交易或走私進口農產品。倘該漁船所載漁獲為僅於淡水地區始可捕獲之水產品，即可逕行認定為私運貨物，岸巡總、大隊即可依海關緝私條例等相關規定移送各地區關稅局處分。
六.漁船進港時查獲疑似毒品之處置。
安檢所查獲疑似毒品時，應先行封鎖現場，並通報總、大隊及機動查緝隊派遣支援人力，全面實施清艙檢查及不要式搜索。另應將其拍照存證，並以證物袋妥為包裝（內含照片），同時通報檢察官指揮偵辦。將查獲之毒品於證物袋封口處加封條密封，由人犯按捺指印及簽名，並將毒品送驗，另依毒品之類型，第一級毒品送法務部調查局檢驗；第二、三、四級毒品送警政署刑事警察局或衛生署管制藥品管理局檢驗，將其檢驗結果再隨案送至地方法院檢察署，以利後續偵辦。將逮捕之嫌犯填寫拘提逮捕通知書，另填寫拘提逮捕通知親友書，通知其親友，並製作偵訊筆錄，移送地方法院檢察署偵辦，並副知漁業署實施處分。將涉嫌載運之運輸工具（車、船）依法予以查扣，並請示檢察官後續處理作法。
七、發現漁船（筏）之漁業動力用油販賣圖利行為之處置。
有關查緝漁船（筏）之漁業動力用油販賣圖利之行為，應特重蒐證作為，置重點於「漁船（筏）未實際從事漁業行為」、「進港後油罐車抽油行為」及「漁業用油轉入地下油行販賣之行為」。當岸際雷達、守望哨或海巡艦艇發現作業漁船報關出港後，滯留於近海而未實際從事漁業時，應加強監控作為。俟漁船（筏）進港後，嚴密安檢及監卸勤務，一旦發現漁船（筏）進港後油罐車非法抽油行為，應確實蒐證，並協請縣(市)政府漁政主管機關及機動查緝隊針對油罐車及地下油行實施後續查察，以有效查緝不法。當有足夠之證據證明該船未實際從事漁業，而將漁業動力用油移作他用或販賣圖利之行為時（如以油罐車抽油轉入地下油行販賣圖利），應報請地檢署檢察官指揮偵辦（副知漁業署）；倘發現漁船（筏）搭載非原作業漁船返港之船員，安檢所應即配合機動查緝隊實施深入訪談、調查，經蒐證後足以證明該船確實未實施漁業行為，即將該等漁船、船員資料轉送縣(市)政府漁政主管機關依規定處分。
八、兼營娛樂漁船於經營娛樂漁業時，將所僱大陸船員隨船載運出海。
依行政院農委會94年4月19日農授字第0941320610號令：自即日起特定漁業漁船於兼營娛樂漁業期間，不受理漁業人申請僱用大陸船員；特定漁業漁船於僱用大陸船員期間暫不受理漁業人申請兼營娛樂漁業。但本會發布前兼營娛樂漁業漁船之漁業人業經許可僱用之大陸船員，同意繼續僱用至識別證有效期限屆滿，惟於從事娛樂漁業期間，仍不得將大陸船員隨船搭載出海。安檢所對於兼營娛樂漁船載客出港經營娛樂漁業時，若發現船主欲將所僱大陸船員隨船載運出海，應向船主說明「經營娛樂漁業行為時不得僱用大陸船員」之規定，並請其將所僱大陸船員安置於岸置處所。經口頭勸導無效，則開立告發單，依違反行政院農委會94年4月19日農授字第0941320610號令，將漁船主相關事證函送漁政主管機關，以漁業法第65條第7款核處。若查證係以他人漁船僱用之大陸船員流用至兼營娛樂漁業漁船出海作業，則將原僱主及兼營娛樂漁業船主依違反本條例第15條第4款「僱用或留用…從事未經許可或與許可範圍不符之工作」規定，移送檢察機關偵辦。
九、發現領有識別證之大陸船員自行駕駛漁船出海作業。
安檢所發現領有識別證之大陸船員自行駕駛漁船出海作業之態樣及處置如下：從事該行為時，未有本國籍船員（長）陪同下自行駕駛漁船出海作業時：依本管理辦法第2條規定，僱用大陸船員係協助12浬外漁業作業，發現該行為時應禁止其出海，並將該本國籍船員依違反本管理辦法第24條第1款規定函送漁政主管機關，另依職權調查，若有構成竊盜或其他之犯罪行為時，則大陸船員依法移送司法機關偵辦。經漁船主之授意使大陸船員獨自行駕船出海：禁止其出海，並將違規漁船船主（長）及相關涉案人之訪談或偵訊筆錄，函送漁政主管機關，依違反管理辦法第2條規定（僱用大陸船員係協助作業）及各級漁政主管機關訂定之漁船出海作業時限及船員最低員額等規定，以漁業法第65條第7款核處，大陸船員仍交付漁船主管理。
十、發現漁船違規攜帶拖（流）網漁具。
安檢所發現漁船違規攜帶拖（流）網漁具時，應將禁止之法規告知船長，並勸導其應將加裝設備或攜帶之網具自船上拆除、卸下，以免觸法。經勸導無效時，檢具相關事證及違規紀錄，函送該管漁政主管機關處理。
十一、發現娛樂漁業漁船兼營渡船業務。
依「娛樂漁業管理辦法」第2條規定：「所稱娛樂業，係指提供漁船供以娛樂為目的者，在水上採捕水產動物或觀光之漁業」，及同法第23條第2項之規定：「娛樂漁業漁船出海從事海上娛樂漁業活動，不得變相載客經營渡船業務」，故娛樂漁業漁船載客從事渡船業務，顯然已違反上述規定。安檢所對經營娛樂漁業之船筏，應於進出港時確實核對該船人數，並要求船主返港後所有人員均應隨船返港，不得將民眾留置於離島或礁岩任其從事海釣等活動。對娛樂漁船返港後將人員留置離島或礁岩從事海釣活動或變相經營渡船業務，應檢具進出港檢查簿等相關資料，函送航政、漁政單位依規定處分。
十二、發生新興重大傳染病疫情時之處置作為。
駐防商港及負責遠洋漁船檢查之安檢單位，應依各港務局「船舶預報系統」或船務公司之通報，於出勤前做好防疫準備，並配戴口罩、手套等。安檢人員登檢前，應先查明船舶是否曾航經相關疫區，商港應立即協調駐港防疫、檢疫單位先行檢疫無虞後，再行實施安檢，漁港遠洋漁船安檢人員應完成防護措施。對進（出）港之船舶，應請漁船船員（含偷渡犯）依衛生署或相關主管機關公告填報「防疫調查表」，並實施體溫測量，如有發燒、腹瀉、皮膚出疹、死亡情形，應禁止無關人員靠近，同時通報當地衛生單位（縣(市)政府衛生局）到場處理，而執行該安檢勤務者，應實施個人清潔消毒工作並實施自主健康管理或隔離觀察，俟無疫情之虞始可解除。將船隻實施消毒，並要求船員實施自主健康管理，倘有疑似疫情症狀，亦應即通報衛生機關協助就醫。
