本署職司海岸、海域執法及巡防救難等專責工作，致員額別於其他行政機關，呈軍、文職（含警察、關務、一般公務及其他人員）併用機關；且因任務特色，以軍職及警察人數最多（占逾九成），相對性別亦以男性為主。113年12月底現有員額11,877人，男性占85.5％，遠高於女性之14.5％；平均年齡則以女性31.4歲，較男性34.5歲年輕。