本署為重申我國對南海、東海固有領域主權與主權權利，有效執行海域執法任務，提升我國漁業巡護能量，落實國際漁業管理之規範，善盡國際漁業管理責任及保護我國漁民作業安全，規劃「強化海巡鯿裝發展方案」、「籌建海巡艦艇發展計畫」及「籌建海巡遠洋巡護船發展計畫」，打造各噸級巡防艦船艇；復為確保「籌建海巡艦艇發展計畫」新造艦船艇均有碼頭泊靠，提升海巡整體執勤效能，辦理「海巡艦艇碼頭強化計畫」。