本署為整合海域、海岸巡防勤務,強化組織功能,於各地區設十三個巡防區指揮部,以有效指揮、管制、運用責任地區岸、海任務單位各項勤務。
第一(宜蘭)巡防區指揮部轄管單位包含第一岸巡隊、第七海巡隊及宜蘭查緝隊; 第二(北基)巡防區指揮部轄管單位包含第二岸巡隊、第一海巡隊、第十六海巡隊、基隆查緝隊及臺北查緝隊; 第三(桃竹)巡防區指揮部轄管單位包含第八岸巡隊、第二海巡隊、第十二海巡隊、桃園查緝隊及新竹查緝隊; 第四(中彰)巡防區指揮部轄管單位包含第三岸巡隊、第三海巡隊、苗栗查緝隊、臺中查緝隊及彰化查緝隊; 第五(雲嘉)巡防區指揮部轄管單位包含第四岸巡隊、第十三海巡隊、雲林查緝隊及嘉義查緝隊; 第六(台南)巡防區指揮部轄管單位包含第一一岸巡隊、第四海巡隊、臺南查緝隊及北門查緝隊; 第七(高雄)巡防區指揮部轄管單位包含第五岸巡隊、第五海巡隊、高雄查緝隊及鳳山查緝隊; 第八(屏東)巡防區指揮部轄管單位包含第六岸巡隊、第十四海巡隊及屏東查緝隊; 第九(花蓮)巡防區指揮部轄管單位包含第一二岸巡隊、第六海巡隊及花蓮查緝隊; 第十(台東)巡防區指揮部轄管單位包含第一三岸巡隊、第十五海巡隊及臺東查緝隊; 第十一(馬祖)巡防區指揮部轄管單位包含第一○岸巡隊、第十海巡隊及連江查緝隊; 第十二(金門)巡防區指揮部轄管單位包含第九岸巡隊、第九海巡隊及金門查緝隊; 第十三(澎湖)巡防區指揮部轄管單位包含第七岸巡隊、第八海巡隊及澎湖查緝隊。