據收復太平島之中業艦李敦謙艦長於《艱險定疆立奇功進駐南沙群島紀實》中記載(中外雜誌，382期，民國77年(1988年）)，民國35年(1946年)12月12日登太平島時，即發現「島之中央地點有清泉土井一口，水質清涼味美，正是我駐島人員飲用水之泉源」。嗣經歷年駐軍陸續擴充，迄民國89年(2000年)海巡署接替防務時已有10口水井，顯見地下水脈蘊藏豐富；原2、3、4號等3口井已於民國96年(2007年)間機場整建時填埋，另1、6、8號等3口井暫無使用，9號井僅養殖吳郭魚；餘5、7、10號等3口井目前正常使用中，另於104年12月12日將使用之水井由島東向島西重新編號。

每日抽取約42,000公升（42公噸），其中30,000公升（30公噸）經靜置沉澱後供生活盥洗使用，另12,000公升（12公噸）可以飲用，但經過濾後產水約4,000公升（每3,000公升井水，產水1,000公升），口感較佳，供廚房炊事使用。

　　南沙地區旱季為每年2月至6月；雨季為6月下旬至隔年1月；年平均降雨量為3,118.4毫米，每月平均259.9毫米，南沙指揮部目前運用餐廳屋頂承接雨水建置地下回收池（40公噸）及6座蓄水塔(17.5公噸)，另配合南沙交通基礎整建工程構建兩座蓄水池，約可蓄儲101,500公升（101.5公噸）雨水，主要供應灌溉使用。

　　為響應政府節能減碳政策，本署特別在南沙太平島興建太陽能設備，將國境極南之太平島打造成低碳島，彰顯深耕南疆、重視海洋、積極保育南沙生態的用心與努力。南沙島之太陽能光電系統，第1期(100年12月13日)暨第2期(103年12月14日)設置面積共計1,576平方公尺，總容量160Kw(附加612kWh儲能設施系統)，每年發電度數約19萬餘度，佔全島每年用電量約17％，未來將持續維護裝置容量；另島上配合節能之室內照明、冷氣機、戶外路燈、電冰箱及熱水器等設備，合計每年可節省用電約31萬度。減少柴油用量12萬5,826公升，減少二氧化碳排放127.9公噸，成果卓著。