銀合歡是豆科落葉小喬木，抗旱且繁殖力強，可長成6至8公尺，阻礙日照，且會分泌含羞草毒，週遭植物往往抵擋不住有毒物質的侵略，生長受到壓抑，嚴重者凋萎死亡。在東沙環礁國家公園內，銀合歡生長擴散速度極快，已嚴重影響原生植物生態。本署東沙指揮部體認此一問題，積極協助海洋國家公園管理處移除銀合歡，移除成效迄今已達8萬0541平方公尺，有效保護東沙本土物種存續。

　　經過駐島人員的通力合作，銀合歡在東沙島的擴張得到抑止。潟湖一隅，在移除外來植物的威脅之後，東沙原生種植物得以回復原本的生態圈，恬靜自適地在島上各自繁衍。

　　此外，除了配合海管處邀請專家每月上島辦理生態講習，本署自100年起與教育部共同辦理「東沙巡禮-海域安全及國家公園生態體驗營」，邀請大專院校學生登島體驗，未來仍持續辦理。

　　且近年來因本署強力掃盪外籍漁船非法作為，越界船舶有日漸減少之情形，免除了外在的威脅，海底珊瑚也在海洋國家公園的復育下有了嶄新的風貌，珊瑚樣貌由原先的斷枝殘幹，逐漸回復往日風采。