紅色：象徵犧牲奉獻的服務精神。
白色「T」：代表台灣英文字之首字。
藍色：象徵海洋。

整個連貫起來就有服務台灣海域之隱含意義，原意就是「守護台灣」，而正指出海巡署的功能。