督察科業務職掌：

• 年度督察工作計畫之執行。
• 海域與海岸巡防勤務督察、內部紀律維護業務之規劃、督導、執行及考核。
• 機關人員意外事件及與民眾糾紛之查處。
• 機關人員保護管束之執行。
• 法制業務、訴願及國家賠償事件之處理。
• 協助艦船艇維修後之檢驗工作及海損調查。
• 其他有關督察事項。