秘書室業務職掌：

• 關於本分署海岸巡防政策之執行事項。
• 關於本分署年度施政計畫之審議、彙編及建議事項。
• 關於中程個案計畫之研訂及管制考核事項。
• 關於本分署研究發展事項。
• 關於為民服務工作之督考、成效彙集及評獎事項。
• 關於組織結構及功能之研析事項。
• 關於辦事細則，各單位研訂掌理事項之彙整、修正及陳審事項。
• 關於本分署機關簡介及組織編制業務之處理事項。
• 關於企劃業務。
• 關於本分署印信蓋用及典守事項。
• 關於本分署公文處理之規劃、督檢及收發、分辦事項。
• 關於本分署會議（報）之規劃、紀錄整理及分行事項。
• 關於本分署各項會議（報）、活動行程管制事項。
• 關於本分署檔案管理之規劃、各項作業執行、考核及其他有關本分署檔案管理事項。
• 關於本分署不屬其他各科、室公文之分發及簽陳裁處事項。
• 關於本分署史政資料彙編之事項。
• 其它有關本分署文書管理之事項。
• 關於本分署現金、票據及有價證券之收入、支付及保管等事項。
• 關於本分署員工薪餉造冊發放、所得稅扣繳及歲入款等事項。
• 關於分署本部部辦公廳舍及備勤室之環境清潔維護、分配管理及管制等事項。
• 關於分署本部膳食管理等事項。
• 關於分署本部相關設施管制事項。
• 關於分署本部廳舍安全維護事項。
• 關於本分署事務用品（消耗性物品）採購、管理及非消耗性物品管理與清點事項。
• 關於分署本部水電管理及辦公廳舍零星修繕等事項。
• 關於分署本部警衛安全及會客室管理等事項。
• 關於廢舊不適用物資銷毀、變賣、拆解利用與管理等事項。
• 其它有關總務事項。
• 關於分署長對各單位陳閱公文批示之分辦及管制事項。
• 關於分署長對外函件之處理。
• 關於立法院、監察院各種會議或巡察建議案、決議案、質詢案之分辦、彙整、協調、聯繫與回復事項。
• 關於國會、新聞及公共關係業務作業規範之策辦、相關文書擬辦及輿論因應、新聞發布、連絡等事項。
• 關於國內各界人士參觀訪問拜會之接待事項。
• 關於民意機關洽詢案件之協調、處理、回復及各項為民服務事項。
• 關於本分署對外公共關係經營及其它有關公共關係事項。
• 其它有關秘書業務等事項。