一、本分署置分署長一人，綜理分署事務，並指揮、監督所屬單位及人員；副分署長二人，襄理分署事務。

 

二、本分署置主任秘書一人；業務單位設巡防、檢管、後勤、通電資訊、督察科及勤務指揮中心等六個業務單位；秘書、人事及主計等三個輔

       助單位。

 

三、依勤務需要設第一巡防區指揮部(統合第一岸巡隊、第七海巡隊、宜蘭查緝隊)、第二巡防區指揮部(統合第二岸巡隊、第一海巡隊、第十六

       海巡隊、台北查緝隊、基隆查緝隊)及第三巡防區指揮部(統合第八岸巡隊、第二海巡隊、第十二海巡隊、桃園查緝隊、新竹查緝隊)等三個

       巡防區指揮部；本分署下轄三個岸巡隊，各岸巡隊下設一處岸巡中隊，另合計六處機動巡邏站及四十五處安檢所。