海洋委員會海巡署為執行海域及海岸巡防事項，設北部、中部、南部、東部、金馬澎、東南沙及艦隊分署。

本分署掌理下列事項：
一、轄區內海洋權益維護之執行。
二、轄區內海事安全維護之執行。
三、入出港船舶或其他水上運輸工具及通商口岸人員安全檢查之執行。
四、轄區內海域至海岸、河口、非通商口岸查緝走私、防止非法入出國及其他犯罪調查之執行。
五、轄區內公海上對中華民國船舶或依國際協定得登檢之外國船舶登臨、檢查及犯罪調查之執行。
六、轄區內海域與海岸巡防涉外事務協調、調查及處理之執行。
七、轄區內海域及海岸安全調查之執行。
八、轄區內海岸管制區安全維護之執行。
九、海巡艦船艇建造及維修養護之規劃及執行。
十、其他有關海域及海岸巡防事項。