安檢所對外國船舶（客貨輪等）申請進出漁港時，除因緊急事故或危難需進港避難外，應依船舶法、航業法等相關規定，不予受理其進出港之申請，並請其依規定向航政單位申請靠泊經公告指定之商港或其他處所。外國船舶如因機件故障、遇難或避難等緊急事故申請進入漁港時，岸巡總、大隊應通報縣(市)政府漁政主管機關及轄內警察局外事單位處理，並派員警戒同時注意渠等船員不得上岸，俟縣(市)政府漁政主管機關及警察局外事單位到場後，安檢所應配合其執行「漁港安全檢查」工作。針對外國籍漁船申請靠泊本國漁港時，應依漁港法第16條及其施行細則第9條之規定，於3天前以申請書檢具相關證件向當地漁港管理機關申請核可後，安檢所始配合辦理安檢相關事宜（請參考行政院農業委員會函頒之「外國籍漁船進出漁港許可審查作業要點」及「外國籍漁船進出國際商港或漁港之申請、審核及檢查流程」辦理）。