一、平時編組

(一)以各級勤務指揮中心及各巡防區指揮部為核心，運用現有通聯體系，每日採24小時值勤，由輪值之執勤人員，負責案件掌握、處理、指導、管制及通報。

(二)由本署遴派適員，進駐行政院國家搜救指揮中心擔任協調官，專責執行案件通報、協調及聯繫工作。

二、應變編組

(一)緊急應變中心︰

1.本署及所屬各級機關(單位)以勤指中心為核心，開設緊急應變中心，設相關任務編組集中應變。

2.海難估計有十五人以上傷亡、失蹤或災害有擴大之虞時，本署及各轄管分署即成立緊急應變中心，相鄰地區之分署得視狀況同步開設應變中心。

3.海難船舶損害嚴重，估計有五人以上未達十五人之傷亡、失蹤或災害有擴大之虞者，由轄管分署及相鄰地區之分署視實際需要開設應變中心。

4.未達五人遇難之海難事件，由轄管各分署指導巡防區專案應變，並得請求艦隊分署(各機動海巡隊)支援。

(二)前進指揮所：

遇有重大海難事件，應由海巡隊成立前進指揮所，設置指揮組、搜救組、情資研蒐組、後勤支援組及公關組等任務編組，並由緊急應變中心指揮官視狀況通知必要單位派員進駐，另視狀況由轄管分署派遣高階人員親赴現場指揮處理。