一、在我領海、鄰接區及專屬經濟海域內，從事資源探勘、調查等活動，依法應經主管機關許可。對未經許可進入我海域作業之大陸海測船，本署除立即派遣艦船前往處理外，並通報陸委會透過兩岸聯繫管道，要求大陸當局約束其海測船行為，勿侵害我海域權益。
二、另本署艦隊分署亦與海軍訂定綜合支援協定書，保持密切聯繫，並建立緊急應變機制；若有緊急應變需求，即協調國軍適時協助支援。