一、臺日兩國已於102年4月10日簽署「臺日漁業協議」，雙方漁船在「協議適用海域」內的作業權益獲得保障；惟倘日本漁船進入非屬台日漁業協議適用之我國暫定執法線內海域，本署認為有違反相關法令之虞時，將依「中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法」等相關規定，採取緊追、登臨、檢查，必要時，得強制驅離或逮捕其人員、扣留船舶等執法作為。
二、本署執行專屬經濟海域巡護任務，以和平方式維護我方權益，本署艦船艇倘於我國暫定執法線內發現日本公務船時，將適時採取相關監控作為，避免渠等干擾我國作業漁船。