艦隊分署所屬單位一覽表
| 編號 | 機關（單位）名稱 | 連絡地址 | 連絡電話 |
| 31. | 直屬船隊 | 85243高雄市茄萣區崎漏里正遠路1號 | 電話:(07)6988006 傳真:(07)6988026 |
| 32. | 第五(高雄)海巡隊東沙駐地 | 東沙郵政91104信箱 | 電話:(07)2771001-691257 傳真:(07)2771021 |
| 33. | 第五(高雄)海巡隊南沙駐地 | 南沙郵政91106附2號信箱 | 電話:(07)2781001-692504 |
| 34. | 第九(金門)海巡隊羅厝分隊 | 89442金門縣烈嶼鄉上林村南糖1之27號(陽山營區) | 電話:(082)363816 傳真:(082)363817 |
| 35. | 第十(馬祖)海巡隊東引駐地 | 21201連江縣東引鄉樂華村160-3號 | 電話:(0836)76107 傳真:(0836)76599 |
| 36. | 第十(馬祖)海巡隊莒光駐地 | 21141連江縣莒光鄉青帆村18-1號 | 電話:(0836)88363 傳真:(0836)88010 |
| 37. | 第十三(布袋)海巡隊麥寮駐地 | 63801雲林縣麥寮鄉台塑工業園區1號港勤大樓 | 電話:(05)6812720 傳真:(05)6812291 |
| 38. | 第十四(恆春)海巡隊枋寮分隊 | 94044屏東縣枋寮鄉保生村海邊路336號(對面) | 電話:(08)8788226 傳真:(08)8788226 |
| 39. | 第十五(台東)海巡隊成功駐地 | 96145臺東縣成功鎮東海路2號 | 電話:(089)853112 傳真:(089)855323 |
| 40. | 第十五(台東)海巡隊綠島分隊 | 95142臺東縣綠島鄉公館村西段18-18號 | 電話:(089)671512 |
