艦隊分署所屬單位一覽表
| 編號 | 機關（單位）名稱 | 連絡地址 | 連絡電話 |
| 1. | 第一(基隆)海巡隊 | 20248基隆市中正區中正路249號 | 電話:(02)24621451 傳真:(02)24624793 |
| 2. | 第二(淡水)海巡隊 | 25155 新北市淡水區觀海路251號 | 電話:(02)28051439 傳真:(02)28054147 |
| 3. | 第三(台中)海巡隊 | 43650台中市清水區北四路168號 | 電話:(04)26572783 傳真:(04)26572784 |
| 4. | 第四(台南)海巡隊 | 70259台南市南區鯤鯓路601號 | 電話:(06)2620217 傳真:(06)2620259 |
| 5. | 第五(高雄)海巡隊 | 80544高雄市旗津區北汕巷50-72號 | 電話:(07)5719553傳真:(07)5719560 |
| 6. | 第六(花蓮)海巡隊 | 97064花蓮市順興路43號 | 電話:(03)8233781 傳真:(03)8233783 |
| 7. | 第七(蘇澳)海巡隊 | 27046宜蘭縣蘇澳鎮港區路7之1號 | 電話:(03)9961541 傳真:(03)9961540 |
| 8. | 第八(澎湖)海巡隊 | 88056澎湖縣馬公市案山里19鄰大案山200號 | 電話:(06)9215221 傳真:(06)9215225 |
| 9. | 第九(金門)海巡隊 | 89141金門縣金湖鎮料羅里1鄰料羅港1號 | 電話:(082)334261 傳真:(082)334938 |
| 10. | 第十(馬祖)海巡隊 | 20941連江縣南竿鄉福沃村135-12號 | 電話:(0836)22647 傳真:(0836)22621 |
| 11. | 第十二(新竹)海巡隊 | 30057新竹市新港南路99號 | 電話:(03)5362570 傳真:(03)5366873 |
| 12. | 第十三(布袋)海巡隊 | 62541嘉義縣布袋鎮順安路79巷2號 | 電話:(05)3472199 傳真:(05)3473899 |
| 13. | 第十四(恆春)海巡隊 | 94645屏東縣恆春鎮大光路79之44號 | 電話:(08)8867125 傳真:(08)8867132 |
| 14. | 第十五(台東)海巡隊 | 95057台東市富岡街296之1號 | 電話:(089)280356 傳真:(089)281414 |
| 15. | 第十六(澳底)海巡隊 | 22844新北市貢寮區真理里新港街128號 | 電話:(02)24902010 傳真:(02)24902909 |
| 16. | 北部地區機動海巡隊 | 24941新北市八里區訊塘里6鄰厦竹圍7之9號 | 電話:(02)26194165 傳真:(02)26194728 |
| 17. | 中部地區機動海巡隊 | 43650台中市清水區北四路168號 | 電話:(04)26583582 傳真:(04)26583584 |
| 18. | 南部地區機動海巡隊 | 80441高雄市鼓山區蓬萊路32號 | 電話:(07)5514141 傳真:(07)5514083 |
| 19. | 東部地區機動海巡隊 | 97063花蓮市民有里北濱街31號
| 電話:(03)8340180 傳真:(03)8340183 |
| 20. | 直屬船隊 | 85243高雄市茄萣區崎漏里正遠路1號 | 電話:(07)6988006 傳真:(07)6988026 |
