太平島海域執法任務由本署第五海巡隊南沙分隊負責，負責執行禁止、限制水域之偵巡及驅離，並採用「柔性勸導、和平對待」原則，以貫徹、維護南海主權立場之和平政策。 此外，本署亦定期執行「碧海專案」，另國防部海軍司令部「定期偵巡」，相互派遣大型船艦前往太平島協助南沙指揮部實施「南海護漁」及「越界驅離」勤務，展現我護漁決心。

　　南沙太平島為航行南沙海域船舶及漁民提供及時援助，自89年迄今，本署執行國際人道救援大陸籍「梅航178號」、「瓊參亞」及菲律賓籍海上漂流小船共計11案12人次；另執行本國籍緊急救護共計10案11人次，合計21案23人次，成功扮演人道援助者的角色。