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　　我國專屬經濟海域與日本及菲律賓等鄰國重疊，為維護國家海洋權益，確保漁民作業安全，本署除依「政府護漁標準作業程序」協同國防部、漁業署遂行聯合護漁任務外，並依漁汛期、突發事故或任務需要，適時調整巡護密度，強化我國暫定執法線及政府護漁範圍水域內之巡護任務，保持每日均有巡防艦艇於爭議海域內執行護漁任務，落實政府「捍衛主權、維護漁權」政策。

　　2008年6月至2016年3月底計執行北方、東方、南方海域巡護共3,560航次、90,775人次；另執行「草萊操演專案」、「丹陽專案」、「太湖專案」及「國軍聯合海巡署護漁實兵操演」等，均獲國人高度肯定及支持，展現海巡署守護海疆國土主權之決心。

本署執行專屬經濟海域巡護防止日本公務船干擾我漁船作業

本署處理2012年9月24-25日蘇澳地區漁民赴釣魚台進行護漁權活動

2012年9月7日總統與訪賓於彭佳嶼合影

2012年8月31日國安會胡秘書長與部會首長於中洲礁豎立國旗暨合影

2015年11月21日國軍聯合海巡署護漁實兵操演