本局前身為「南部地區海岸巡防司令部」隸屬國防部體系，因海防工作歷來均由不同單位執行，為達事權統一，專責管理。立法院於民國89年1月16日審議通過「行政院海岸巡防署」組織法，並奉　總統公佈實施。同年2月1日正式成立「行政院海岸巡防署」，並依地區巡防局組織通則成立「南部地區巡防局」。

成立來歷經兩次調整，分別於民國91年4月1日為因應「組織架構扁平化」，本局遵海巡署之政策指導，簡併部分岸巡總(大)隊、中隊指揮層級，並編成機動巡邏站。

另於民國92年9月1日為有效提升本局暨所屬機構之行政效率，配合近岸巡防艇及岸際雷達建置，發揮「科技裝備取代人力」之精神，提昇基層岸巡單位，裁減機動巡邏站，俾使裝備與人力配置更合理。

為落實「地區責任制」與「岸海合一」精神，自94年7月1日起，分別於台南、高雄、屏東、澎湖等地成立巡防區，負責統合地區內各岸、海勤務單位共同執行巡防任務，以達到情資共享、勤務統合之目標。

本局成立迄今，在各級長官指導下，全體同仁均能全力以赴，克服困難，稟持不斷創新之精神，提昇各單位執行任務之能力，並積極培養高效能的組織文化，發揮協調合作之默契，有效建立強固的海岸線，徹底打擊走私、偷渡等不法情事，充分發揮整體效能，維護國家安全。