我國海防工作長期以來係由內政部、國防部、財政部、農委會等單位，分別執掌相關事務，因事權不一，導致於防制走私、偷渡工作上衍生諸多困擾，致使走私、偷渡日益猖獗，嚴重防害國家安全，社會治安及經濟秩序。 　　

為改善前述弊端，88年3月18日國家安全會議決議成立「海岸巡防專責機構」，以統一我國海防事權，充分發揮整體效能，後經行政院成立籌備委員會研議後，規劃整併原海巡部、內政部警政署水警局及行政院關稅總局緝私艦艇等任務執行單位，在不增加總員額原則下編成「行政院海岸巡防署」， 並研訂海岸巡防法、行政院海岸巡防署組織法及海洋、海岸巡防總局組織條例，地區巡防組織通則等5草案，於89年1月14日經立法院事議通過，完成立法程序，本局依法於1月28日正式成立。