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為達成海洋委員會海巡署「海域治安」、「維護漁權」、「救生救難」、「海洋事務」及「海洋保育」5大核心任務,擔任藍色國土捍衛者的角色,本分署依據海岸巡防法規定,職司臺灣地區海岸秩序之維護、海洋資源之保護,以及確保國家安全與人民權益等事項,秉持使命必達之精神,不遺餘力完成各項法定業務及交付任務,並透過強化軟硬體建設、彈性勤務調整、充實執勤量能及提升海巡同仁本職學能,達衛國護民之使命。