為維護漁民作業及財產安全，艦隊分署於澎湖南我方海域，全年均部署具巡護功能之大型艦船執行護漁任務，必要時，艦隊分署亦調派澎湖海巡隊全新百噸防撞型巡防艇或新型最快速35噸巡防艇機動支援，一經發現越界捕魚船舶即強勢驅離或逮捕。藉由全面提升海上勤務的裝備能量，有效防堵外國漁船越界作業，維護我方漁民作業的權益。
本分署為強化遏止抽砂船越界作業發生，於本年度4月份跨轄動員執行取締台灣灘越界抽砂船專案，成功押返10名船員及1艘抽砂船，全案後續移送橋頭地檢署偵辦。本分署將持續嚴加取締盜砂行為，確保海域航行安全及海洋資源永續發展。
艦隊分署將持續與漁業署等機關保持密切聯繫，掌握海域情勢及漁船作業情形，彈性機動部署艦船艇勤務。民眾若在海上發現違法情事時，可撥打海巡免付費電話118，或透過漁業電台通報，海巡全年無休將立即前往協處。