臺灣是典型島嶼國家，與海洋依存甚深，在舉世各國擴大海洋資源開發，廣拓海域管轄空間的潮流下，強化「海域執法」，推動「海洋事務」，落實「海事服務」，是海巡署戮力達成的政策目標。鑒於東沙資源保育需求，內政部於2007年成立了「東沙環礁國家公園」，惟至目前尚未開放觀光，故一般民眾無法窺其堂奧。
東沙島是南海諸島歷史中最早被開發的，最早可追溯到一千多年前的晉代，裴淵的《廣州記》中：「珊瑚洲在（廣東東莞）縣南五百里。昔人於海中捕魚，得珊瑚」。其中「珊瑚洲」即指東沙島及其環礁。清乾隆時期，航海家謝清高，以其為一「海中浮沙」，並位於廣州外海萬山群島之東，名之為「東沙」，此為其名稱由來。
1999年5月，當時高雄市長謝長廷至島上漁民服務站掛上「旗津區中興里18鄰東沙31號」門牌，宣示主權。
此後海軍東沙島管理處與氣象臺相繼成立，高雄市政府亦將東沙島納入高雄市旗津區管轄。
2000年2月1日，本署駐守東沙島，成立「東沙指揮部」，逐年完成許多重大建設:諸如衛星行動通訊網路的建置，使外島與臺灣資訊同步；郵政代辦所的成立，照顧官兵福利；各據點舊有營舍實施改建工程完工，讓住宿品質提升；遠距醫療系統的創設，保障同仁的健康；海上救難與人道醫療的成效，讓東沙島成為附近海域的明燈；聰良電廠的招標擴充，確保基本電力供給；辦理東沙生態研習營，灑下海洋教育的種子；落實生態保育，移除外來種植物銀合歡，讓東沙本土物種存續；此外建置雷達監控設備，搭配本署海洋總局海巡艇驅離越界船隻濫捕，不僅捍衛領海主權，環礁珊瑚亦逐漸回復往日風采。
東沙的經營就是我國主權的貫徹，本署已完成規劃，就「建築整修」、「裝備籌補」及「設施改善」等三大面向著眼，為東沙島奠定堅實的基礎：針對營舍增建補強，全面滿足公務所需；採購汰換個人裝備，充分達到任務需求；未來更比照南沙太平島成功的範例，響應節能減碳政策，從全數汰裝太陽能熱水器起步，打造「東沙低碳島」，展現我國經略南海的巧實力。
