緣起

　　我國海防工作長期以來係由內政部、國防部、財政部、農委會等單位，分別職掌相關事務，因事權不一，導致於防制走私、偷渡工作上衍生諸多困擾，致使走私、偷渡日益猖獗，嚴重防害國家安全，社會治安及經濟秩序。

　　為改善前述弊端，八十八年三月十八日國家安全會議決議成立「海岸巡防專責機構」，以統一我國海防事權，充分發揮整體效能，後經行政院成立籌備委員會研議後，規劃整併原海巡部、內政部警政署水警局及行政院關稅總局緝私艦艇等任務執行單位，在不增加總員額原則下編成「行政院海岸巡防署」， 並研訂海岸巡防法、行政院海岸巡防 署組織法及海洋、海岸巡防總局組織條例，地區巡防局組織通則等5項草案，於八十九年一月十四日經立法院議事通過，完成立法程序，「東部地區巡防局」依法於元月二十八日正式成立。配合行政院組織改造政策，本機關於107年4月28日更名為「海洋委員會海巡署東部分署」。

本分署歷史沿革，概區分為四個時期，分述如后：

一、臺灣東區警備總司令部時期（民國38年至民國81年）
民國三十八年國民政府播遷來臺，為因應國內動盪局勢，除宣布戒嚴外，並成立警備總司令部，成為國內司法、治安與情報之最高權力機關。其下設置北、中、南、東等四個地區司令部，其中，臺灣東區警備司令部為本分署發源之濫觴，不僅統整負責臺灣東部地區治安與情報工作，更肩負「政治犯」教化任務，現今許多政界大老都曾經委身轄內綠島監獄，當時動員戡亂時期所建構的時空環境，也成為本分署獨特的歷史陳跡。

二、臺東師管區兼東部地區海岸巡防司令部時期（民國81年至民國89年）
民國七十六年臺灣地區解除戒嚴，國家回歸民主憲政，警備總司令部之軍事管制及政治犯感訓任務已違背世界民主化潮流，業已無存在之必要，政府為順應民意及強化日益嚴峻之海防事務，民國八十一年終止動員戡亂時期，同年十一月納編國軍單位，組成軍管區兼海岸巡防司令部，成為臺灣第一個海岸巡防專責單位，本分署前身臺灣東區警備司令部正式更名為臺東師管區兼東部地區海岸巡防司令部，並將屬於矯治工作之下轄綠島及岩灣感訓所回歸法務部。

三、東部地區巡防局時期（民國89年至民國107年）
臺灣地區位於東亞重要樞紐，具高度戰略價值。因受與大陸之間特殊政治地緣影響，近年來與臨國經濟海域衝突日益升高。政府有感國際海洋事務對國家利益影響日深，海岸巡防事務不能僅侷限於海岸防衛，需要一個能統合海洋事務之專責機關，以有效維護我國海洋權益。民國八十九年政府統整軍管區暨海岸巡防司令部、內政部水上警察局、漁業署及財政部關稅總局之部分艦艇成立行政院海岸巡防署；本分署於同年二月二十八日正式掛牌成立，從軍事機關正式轉型為行政機關，肩負臺灣東部海岸巡防任務。

四、東部分署時期（民國107年迄今）