一、行政院於92年11月 7日公布的「中華民國第一批專屬經濟海域暫定執法線」，係我國現階段在專屬經濟海域之執法依據，本署依「政府護漁標準作業程序」相關規定及「暫定執法線」所定範圍遂行護漁任務，以和平方式維護我方權利。

二、臺日為解決雙方漁船於重疊海域作業問題，已於102年4月10日簽署「臺日漁業協議」，並制定漁船作業規則，作為雙方漁船共同遵守之作業規定，自協議簽署後我國籍漁船遭日本公務船干擾案件，已大幅減少；為維護我國籍漁船作業安全，本署每日均編排1艘大型艦船於臺日重疊海域執行漁業巡護任務，並視漁汛期(4-7月)及漁船作業分布情形，彈性調整巡護位置。

三、鑑於臺菲經濟海域重疊，為確保我國漁民（船）在前揭海域內之作業安全，本署除已依據南方海域漁汛期（4-6月）部署1-3艘大型艦船於「臺菲重疊海域漁船作業南界限」內海域強化巡護力度，並與外交部、國防部、漁業署、國搜中心及空勤總隊等機關（單位），建立緊急狀況通報聯繫窗口，以利應處突發事件。

四、此外，本署每年亦配合農業部漁業署，派遣巡護船搭載漁業署漁業檢查員執行2至4航次公海漁業巡護任務，巡護範圍涵蓋中西太平洋漁業委員會及北太平洋漁業委員會公約水域，以維護我漁民海上作業秩序，善盡國際漁業養護管理責任。