台東縣自然史教育館的前身是民國74年成立的貝殼陳列館，民國83年省立博物館以此為基礎，設立台東縣自然史教育館，將原本的貝殼標本做有系統的整理、展示與研究，現有館藏557種的貝殼標本，同時增設礦物展示室，蒐集世界各地的海洋珍寶及礦石，館藏日漸豐富，是結合自然資源和教學的自然博物館，也是了解東海岸蘊藏珍貴海洋及山脈資源最好的教室。

台東縣自然史教育館的設立，證明美麗的東海岸擁有的不只是海天山色，來自海洋深處的生物演化證物更是大自然所賜予最神奇的禮物。