南部分署
| 編號 | 機關（單位）名稱 | 聯絡地址(交通資訊) | 聯絡電話 | 座標（經緯度） |
| 31. | 高雄商港安檢所 | 80444高雄市鼓山區鼓山一路107號
| (07)5319958 | N22.626971° E120.278435° |
| 32. | 旗后安檢所 | 80541高雄市旗津區海岸路28號
| (07)5718574 | N22.614733° E120.268166° |
| 33. | 中興商港安檢所 | 80544高雄市旗津區北汕巷50-72號
| (07)5718591 | N22.592642° E120.285863° |
| 34. | 中和安檢所 | 80546高雄市旗津區旗津一路3號
| (07)5718602 | N22.554687° E120.316443° |
| 35. | 鳳鼻頭漁港安檢所 | 81264高雄市小港區南星路107號
| (07)8718259 | N22.508189° E120.359062° |
| 36. | 港嘴安檢所 | 83243高雄市林園區港嘴二路201號
| (07)6430530 | N22.492186° E120.382826° |
| 37. | 中芸漁港安檢所 | 83244高雄市林園區北汕里中正路42-4號 | (07)6464388 | N22.481377°E120.399326° |
| 38. | 汕尾漁港安檢所 | 83244高雄市林園區東汕里東汕路115號
| (07)6430543 | N22.477736° E120.414045° |
| 39. | 鹽埔安檢所 | 93248屏東縣新園鄉共和村7鄰新興路1號
| (08)8325519 | N22.470943° E120.434741° |
| 40. | 東港安檢所 | 92844屏東縣東港鎮朝安里新生一路71號 | (08)8353104 | N22.465707° E120.438558° |
| 41. | 大鵬灣安檢所 | 92846屏東縣東港鎮南平里南平路175-6號 | (08)8753040 | N22.432487°E120.478322° |
| 42. | 崎峰安檢所 | 92746屏東縣林邊鄉崎峰村裕後路83-1路
| (08)8757842 | N22.426566° E120.490422° |
| 43. | 水利村漁港安檢所 | 92745屏東縣林邊鄉豊作路1-12號
| (08)8752991 | N22.418533° E120.513525° |
| 44. | 小琉球漁港安檢所 | 92941屏東縣琉球鄉中福村三民路278號
| (08)8611048 | N22.352651° E120.383091° |
| 45. | 琉球新漁港安檢所 | 92942屏東縣琉球鄉大福村仁愛路39號
| (08)8611192 | N22.335272° E120.374486° |
