南部分署
| 編號 | 機關（單位）名稱 | 聯絡地址(交通資訊) | 聯絡電話 | 座標（經緯度） |
| 1. | 南部分署 | 85243高雄市茄萣區崎漏里正遠路1號 | (07)6986011 | N22.870659° E120.202162° |
| 2. | 第一一岸巡隊(第六巡防區) | 72744臺南市北門區文山里溪底寮55-5號
| (06)7861819 | N23.240978°E120.127821° |
| 3. | 第五二岸巡中隊 | 85241高雄市茄萣區萬福里福德路252號 | (07)6904471 | N22.913396° E120.180674° |
| 4. | 第一機動巡邏站(茄萣) | 85241高雄市茄萣區萬福里福德路252號
| (07)6904362 | N22.913396° E120.180674° |
| 5. | 第二機動巡邏站(文山) | 72744臺南市北門區文山里溪底寮55-5號
| (06)7861819 | N23.239408° E120.127635° |
| 6. | 蚵寮漁港安檢所 | 72742台南市北門區雙春里8鄰雙春73-20號
| (06)7863901 | N23.300558°E120.110401° |
| 7. | 蘆竹溝安檢所 | 72744台南市北門區三光里蘆竹溝372-15號
| (06)7850409 | N23.232759° E120.095399° |
| 8. | 將軍漁港安檢所 | 72549台南市將軍區平沙里13鄰平沙150號
| (06)7930864 | N23.213334°E120.083922° |
| 9. | 青山港漁港安檢所 | 72550臺南市將軍區鯤鯓里7鄰鯤鯓286-20號
| (06)7920351 | N23.183730° E120.070852° |
| 10. | 下山漁港安檢所 | 72447台南市七股區龍山里210號
| (06)7874374 | N23.136021° E120.093661° |
| 11. | 北堤安檢所 | 72453台南市七股區海埔11-30號 | (06)7880173 | N23.113133° E120.052167° |
| 12. | 曾文溪安檢所 | 70956台南市安南區城西街三段1070之10號
| (06)2570423 | N23.056217° E120.077733° |
| 13. | 四草漁港安檢所 | 70965台南市安南區北汕尾一路439巷72弄656號
| (06)2842463 | N23.022971°E120.111434° |
| 14. | 鹿耳門安檢所 | 70955臺南市安南區四草大道81巷401弄18號
| (06)2842285 | N23.006370°E120.127227° |
| 15. | 安平漁港安檢所 | 70841臺南市安平區安港路1號 | (06)3911823 | N22.988868°E120.149802° |
