東沙海域因環礁內漁獲資源豐富，常有中國大陸漁船越界進入環礁內違法採捕，為維護東沙海域生態，近年本署除加強海域驅離作為及專案取締，並島區各友軍單位協同合作，採取相關管理作為，漁船越界數量已大幅減少，有效維護海洋生態及漁業資源。

　　如通報案件地點為東沙島周遭海域，無立即危害或機件故障之情形，由東沙指揮部派任務艇前往協處；距離較遠或有急迫之危險，則透過國家搜救中心實施救援，並通報艦隊分署派遣大型船艦前往救援；另島區設有東光醫院，可提供受傷、生病船員初步醫療協助，由駐島醫官實施診治。以民國114年9月7日應處萬那杜籍漁船「福春126」擱淺案為例，當時東沙島受周邊熱帶性低氣壓影響，天候海象不佳，雷達於島東南方5.8浬發現1艘萬那杜籍「福春126」漁船擱淺，基於緊急避難及考量海象不佳等因素，東沙指揮部將10員緬甸籍船員接駁至島上留置，後續於114年9月17日船東委託亞洲打撈公司派遣拖船，由臺灣啟航前往東沙海域協助拖帶，續於9月21日拖返高雄港，圓滿完成任務。