東沙海域因環礁內漁獲資源豐富，常有中國大陸漁船越界進入環礁內違法採捕，為維護東沙海域生態，近年本署除加強海域驅離作為及專案取締，並島區各友軍單位協同合作，採取相關管理作為，漁船越界數量已大幅減少，有效維護海洋生態及漁業資源。

　　如通報案件地點為東沙島周遭海域，無立即危害或機件故障之情形，由東沙指揮部派任務艇前往協處；距離較遠或有急迫之危險，則透過國家搜救中心實施救援，並通報艦隊分署派遣大型船艦前往救援；另島區設有東光醫院，可提供受傷、生病船員初步醫療協助，由駐島醫官實施診治。以民國101年8月26日的澎湖籍「得○○」救援案為例，當時「天秤」颱風以摧枯拉朽般的風勢重擊本島恆春地區後，受到第15號「布拉萬」颱風牽引往南行進，造成東沙島附近海域掀起狂濤巨浪，最大陣風達15級；「得○○」漁船不敵巨浪擱淺，本署東沙指揮部及東沙分隊人員，甘冒生命危險，隨即派艇搏浪救援，船上7名船員（臺籍3人、印尼籍4人）均安然獲救，廣受社會輿論好評。

　　再如101年12月18日，琉球籍「昇○○」號漁船於東沙海域附近發出遇險訊號，本署獲報後立即通報相關單位啟動救援機制，東沙指揮部利用島上雷達掌握「昇」船動態，另一方面透過漁業電台利用無線電呼號、衛星電話等，設法與「昇」船取得聯繫，最後出動2艇16人、結合空軍C130運輸機進行海空聯合搜救任務，並以起火冒煙之「昇」船為中心點、擴大搜救範圍，隨後在下午2時許，尋獲棄船逃生，載浮載沉的5名船員（台籍2人、印尼籍3人）並安全送往東沙島上安置。